Clonney é Michael Clayton, que trabalha num famoso escritório de Nova York junto com outros 600 advogados. Ele só faz o trabalho sujo lá dentro. É um tipo de limpador, como gosta de se definir, pronto para eliminar os pequenos e grandes casos que podem atingir os ricos clientes do escritório. Ele se ocupa assim da omissão de socorro, de mulheres presas por cleptomania, de difamação. É o melhor nesse tipo de trabalho, tem vício de jogo e uma atividade comercial que não vai muito bem. Clayton tem grande amizade com o brilhante advogado cível do escritório, Arthur Edens, interpretado por Tom Wilkinson, responsável por defender a U/North, uma indústria química que faz produtos para a agricultura apontados como cancerígenos. Quando Arthur, em um momento de crise de consciência, coloca em discussão a causa da U/North que parece quase vencida, Clayton decide enfrentar essa emergência. Mas para ele, que se sente cada vez mais afundado por seu trabalho sujo, a crise de Artur terá um efeito dominó com um final surpreendente.